FICCKAE nace en los años 1972. A esta época, los sacerdotes capuchinos, en la claridad de la industria petrolera, advirtieron de la amenaza de una colonización agresiva y apoyaron a los kichwas. En el proceso de evangelización y de adoctrinamiento religioso, los capuchinos y catequistas lograron en un proceso amplio de liberar los indígenas de la esclavitud en las haciendas por el rio Napo. Desde el 6 a 10 de enero 1972 se realizó en la comuna Santa Teresita el primer encuentro de las comunas cuyo producto era la fundación de la UNAE, con motivo de juntarse y luchar para sus derechos humanos.

La FICCKAE fue conocida como ONAE (Organización de nativos de la amazonia ecuatoriana), luego como UNAE (Unión de nativos de la amazonia ecuatoriana) y posteriormente como FCUNAE (federación de comunas unión de nativos de la amazonia ecuatoriana). En virtud de los Pueblos Indígenas que se autodefinieron como pueblo o nacionalidades de raíces ancestrales, la ley Orgánica de las instituciones Públicas Indígenas del Ecuador del año 2009 representa el cambio del nombre a FICCKAE (Federación Interprovincial de comunas y comunidades kichwa de la amazonia ecuatoriana).

La FICCKAE se fundó el 30 de Julio 1984. Se inicio trabajando con 22 comunas. Las comunidades cuales trabajaron en conjunto en el comienzo fueron Santa Rosa de Armenia, Santa Teresita, Chiroisla, Sinchi Chicta, Samona Yuturi, Puerto Quinche, Boca Tiputini, San Vincente de Sinchi, Amaru Mesa, Estrella Yacu, Huamayacu, San Carlos, San Jose, El Descanso, Itaya, Pompeya, San Francisco (Chicta), Domingo Playa, Huataracu, San Pablo, Juan Montalvo y Juan Pio Montufar. Actualmente 70 comunas y comunidades son Parte de la Federacion. Para ver las comunas cuales pertenecen a la Federación, averigüe Comunidades y Campañas.